El Centro define su operación en tres pilares fundamentales, una Infraestructura Especializada para la producción y comercialización de material vegetal certificado y de alta calidad; un Sistema Experto de Información y Comunicación que facilita la transferencia de conocimiento para la toma de decisiones y fortalecimiento de las agrocadenas de cacao, flores, carne y leche; y los Laboratorios Territoriales, espacios para la integración de actores, el diálogo de saberes, la apropiación social del conocimiento, y la configuración de agronegocios.